Adeiladwyd Mynachlog Nedd ym 1130 a disgrifiwyd yr abaty gan John Leland yn y 16eg ganrif 'the fairest in all Wales'. Roedd yr abaty'n wreiddiol yn gysylltiedig ag urdd fynachaidd Savigny, ac fe'i ymgorfforwyd ynghyd â'r holl abatai Savigny eraill i Urdd y Sistersiaid ym 1147. Daeth yr Abaty'n fenter gyfoethog, yn berchen ar dir ym Morgannwg, Dyfnaint a Gwlad yr Haf. Serch hynny, bu mewn cystadleuaeth hallt gydag Abaty Margam, a dioddefodd dan ddwylo'r Cymry yn ystod y 13eg ganrif oherwydd ei gysylltiadau Eingl-Normaniaidd.
Cafodd Edward II ei ddal ym Mynachlog Nedd ar 16 Tachwedd 1326, ar ôl i'w farwniaid ei ymlid. Wedi hynny, fe'i carcharwyd yn Kenilworth, a'i lofruddio yn y diwedd.
Yn dilyn diddymu'r Mynachlogydd ym 1539 aeth adeilad yr abaty i ddwylo Syr John Herbert ar ddiwedd yr 16eg ganrif, ac fe'i trawsnewidwyd yn blasty. Mae'r ffenestri hirsgwar mawr a osododd yn amlwg yn yr adfail sydd i'w weld heddiw. Erbyn 1730, roedd rhai o'r adeiladau'n cael eu defnyddio i fwyndoddi copr. Cloddiwyd yr adfeilion rhwng 1924 a 1935.