Ganed John Murray Thomas (1847-1924) ym Mhenybont-ar-Ogwr, ac roedd yn ddwy ar bymtheg oed pan hwyliodd gyda'r fintai gyntaf i'r Wladfa ar fwrdd y 'Mimosa' ym 1865. Roedd ei chwaer, Gwenllian, hefyd ar y 'Mimosa', ynghyd â'i gwr y Parch. Abraham Matthews, a'u merch fach wyth mis oed. Yn fuan wedi glanio, ymunodd John Murray Thomas gyda deunaw o ddynion eraill ar y daith flinedig ar draws y paith o draeth Porth Madryn i Ddyffryn Camwy.

Ym mis Tachwedd 1865, aeth i Buenos Aires i dderbyn hyfforddiant fel cyfrifydd. Bu yno am rai blynyddoedd ac fe briododd â Harriett Underwood, merch un o ddynion busnes amlwg y ddinas. Dychwelodd i'r Wladfa ym 1874 gan brynu llong o'r enw 'Gwenllian' i gario nwyddau a phobol o Buenos Aires i Batagonia. Tua'r un cyfnod, dechreuodd gymryd rhan flaenllaw yn y teithiau archwiliadol a drefnwyd i chwilio am dir newydd i'w sefydlu ynghyd ag aur a mwynau eraill.

Yn ogystal ag arwain nifer o'r teithiau cynnar hyn, bu hefyd yn gyfrifol am drefnu ac ariannu sawl taith bwysig, yn eu plith y daith fawr gyntaf i'r Andes gyda'r Rhaglaw Fontana ym 1885. Cymrodd ran hefyd yn y gwaith o hyrwyddo'r sefydliad Cymreig newydd ger droed yr Andes yng Nghwm Hyfryd (Bro Hydref). Yn ystod y 1890au, roedd yn gysylltiedig â sawl taith arall i chwilio am aur. Roedd yn ffotograffydd arloesol ac fe dynnodd nifer fawr o ffotograffau o'r cyfnod allweddol hwn yn hanes y Wladfa.

Yn dilyn y cyfnod anturus hwn, ymsefydlodd yn ei gartref Castell Iwan ger Trerawson. Yn dilyn marwolaeth ei wraig, aeth i fyw at ei ferch, Harriett Mulhall, yn ardal Bryn Crwn, ger y Gaiman. Bu farw ym 1924.